رغم مرور خمس سنوات على إنشائها؛ فإن معلومات الشريحة الأعظم من مجتمع المثقفين والدارسين في مصر حول «جامعة النيل»، اقتصرت على قضية التنازع الشهيرة حول تخصيص جزء من منشآتها للمدينة العلمية التي يسعى لتأسيسها العالم المصري الدكتور أحمد زويل، الحائز جائزة نوبل، مما أسفر عن اعتصام طلاب الجامعة وتحويلهم الخيام
